Các cơ quan tình báo phương Tây, bao gồm cả Hoa Kỳ, cáo buộc rằng Fakhrizadeh phụ trách chương trình hạt nhân của Iran, Dự án 111, mà họ cho là hoặc là một nỗ lực tạo ra bom hạt nhân cho Iran; Iran đã phủ nhận rằng chương trình hạt nhân của họ có khía cạnh quân sự. Fakhrizadeh được coi là giám đốc của Dự án Muối xanh. Theo The New York Times, Fakhrizadeh được mô tả trong các phần mật của các báo cáo tình báo Mỹ là người tham gia sâu vào nỗ lực thiết kế đầu đạn hạt nhân cho Iran. Sau khi Dự án AMAD ngừng hoạt động, Fakhrizadeh trở thành nhà khoa học đứng đầu Tổ chức Nghiên cứu và Đổi mới Phòng thủ, một tổ chức được chính phủ tài trợ chuyên nghiên cứu và phát triển vũ khí hạt nhân.